Pada awalnya, organisasi kemahasiswaan yang ada di program studi S1 Farmasi UNMUL, merupakan himpunan mahasiswa yang berdiri dibawah naungan Fakultas KESMAS UNMUL, dengan nama Himpunan Mahasiswa Farmasi (HIMAFASI) selama 2 tahun.
Namun setelah program studi S1 Farmasi berdiri sendiri menjadi fakultas yang ke-12 di UNMUL, HIMAFASI dinyatakan dibekukan sementara dan dibentuklah BEM Fakultas Farmasi UNMUL.
Pemilu raya pertama dilaksanakan pada bulan Mei tahun 2010 dengan Muhammad Akbar terpilih sebagai Ketua Umum BEM Farmasi Universitas Mulawarman “Kabinet Generasi”Bersatu”untuk pertama kalinya.
Setelah dua periode menjabat, yaitu periode 2010/2011 dan periode 2011/2012, akhirnya Muhammad Akbar menyerahkan jabatannya kepada Rahmad Noor Budi sebagai Ketua Umum BEM Farmasi Universitas Mulawarman Periode 2012/2013 dengan nama 'Kabinet Revolusioner'.
