Pada awalnya, Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) Farmasi Universitas Mulawarman merupakan himpunan yang berdiri di bawah naungan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman dengan nama Himpunan Mahasiswa Farmasi (HIMAFASI) selama dua tahun. Namun, setelah Fakultas Farmasi berdiri sendiri, HIMAFASI mulai melepaskan diri dan terbentuklah BEM Fakultas Farmasi Universitas Mulawarman. Pemilu raya pertama dilaksanakan pada 15 Mei 2010 dengan Muhammad Akbar terpilih sebagai Ketua Umum BEM Farmasi Universitas Mulawarman untuk pertama kalinya.
Setelah dua periode menjabat, yaitu periode 2010/2011 dan periode 2011/2012, akhirnya Muhammad Akbar menyerahkan jabatannya kepada Rahmad Noor Budi sebagai Ketua Umum BEM Farmasi Universitas Mulawarman Periode 2012/2013 dengan nama 'Kabinet Revolusioner'.
BEM Farmasi Unmul telah berdiri selama kurang lebih 4 tahun dan telah berkembang dan berjalan sinergis dengan birokrat kampus Farmasi Unmul. Pengembangan organisasi BEM Farmasi Unmul terjadi pada generasi kedua, yaitu ketika Sdr. Rahmad Noor Budi menjabat, dimana berbagai mavam kegiatan penunjang mulai diikutsertakan dalam rangkaian kegiatan BEM Farmasi Unmul selama 1 periode kepengurusan. Generasi ketiga yang saat ini diketuai oleh Indah Putriani Ibnu, yang terpilih melalui Musyawarah Besar (MUBES) Keluarga Mahasiswa Farmasi pada tahun 2013, telah mampu melakukan ekspansi dengan organiasi eksternal dan membina hubungan baik dengan ISMAFARSI, baik wilayah maupun pusat.
Tidak hanya melakukan ekspansi dengan organisasi eksternal, BEM Farmasi Unmul generasi ketiga ini, dengan nama 'Kabinet Prodaya', juga telah mampu merumuskan penguatan internal 'Kabinet Produktif Dalam Berkarya' dengan mengadakan kegiatan-kegiatan pengkaderan yang bertahap, kegiatan penunjang baik bersifat keilmiahan maupun aktualisasi diri kader selama berada dalam 1 periode kepengurusan, dan mencoba mandiri terkait finansial.
Kabinet generasi keempat pada periode 2015 diketuai oleh Rahmat Nur Hidayat memiliki nama kabinet 'Spirit Motivatif'. Merupakan kabinet yang berjuang meneruskan dan meningkatkan hasil perjuangan kabinet periode sebelumnya. Memiliki tujuan ke depan dalam menumbuhkan karakter mahasiswa di Fakultas Farmasi Unmul yang memiliki motivasi dan semangat yang tinggi dalam berkarya. Misi utama dari kepengurusan BEM Farmasi Unmul periode ini adalah terletak pada peningkatan dan pengembangan potensi dan karakter mahasiswa Fakultas Farmasi Unmul untuk dapat selalu terus berkarya baik dalam bidang akademik dan non akademik melalui program kerja yang dirancang untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia.
Keempat generasi tersebut memiliki tujuan yang sama, yakni ingin membawa nama BEM Farmasi Unmul menjadi organisasi berbasis kesehatan yang berkembang seiring pergantian kepengurusan dan mampu melanjutkan hal-hal yang belum dituntaskan oleh kepengurusan sebelumnya untuk direalisasikan oleh kepengurusan selanjutnya. Dimana setiap generasi mencoba merumuskan pola gerak yang dianggap sesuai dengan tantangan periode kepengurusan terkait.
Adapun Struktur Organisasi dari BEM Farmasi Unmul Kabinet Spirit Motivatif 2015 adalah sebagai berikut.
Ketua Umum : Rahmat Nur Hidayat
Wakil Ketua : Andhika Jaya Saputra
Bendahara Umum : Rosniah
Kepala Dept. Kesekretariatan : Olvira Esa Nurtiwi
Kepala Dept. Eksternal : Dian Dwi Cahyadi
Kepala Dept. Internal : Sattrio Desrianto Prabowo
Kepala Dept. KPSDM : Muh. Rasyid Indrawan
Kepala Dept. Minat dan Bakat : Rangga Hati Rabbu Igafur
Kepala Dept. Medifo : M. Reza Falufie J
